Uma trama complexa, que aborda temas profundos como a psique humana, seus conflitos internos e relacionamentos. Shinji Ikari, um jovem de 14 anos carente de afeto e desprovido de amor próprio, de repente, é chamado por seu pai - com quem nunca teve contato - a comparecer à NERV para pilotar bio-robôs de combate, gigantes - os EVAS - e assim salvar o mundo de misteriosos seres denominados "Anjos", os quais ninguém sabe ao certo se são enviads de Deus para castigar a humanidade ou alienígenas invasores. Apesar de contrariado, ele se torna piloto do Evangelion - uma arma de combate humanoide. A luta contra os "Anjos", inimigos desconhecidos, causa medo e tensão, mas, ao mesmo tempo, desperta algo nele que o faz se abrir para as relações humanas à sua volta. Contudo, quando lê algumas anotações de sua supervisora Misato a seu respeito, Shinji se fecha novamente em sua carcaça e acaba fugindo da NERV.