O Imperium vive um interregno após Paul Atreides abdicar de seu título de imperador e entregar-se ao deserto. Sua irmã, Alia, ascende ao poder como regente enquanto os filhos de Muad'Dib não são capazes de assumir o Trono do Leão. Herdeiros não só do poder político e econômico de seu pai, os gêmeos também carregam em suas veias toda a carga genética manipulada por séculos pela Irmandade Bene Gesserit. Mas a hegemonia dos Atreides está ameaçada.
De seu exílio em Salusa Secundus, os membros da despojada Casa Corrino tramam uma complexa teia para retomar as rédeas do Imperium e se vingar de todos os envolvidos em sua queda. Filhos de Duna fecha com brilhantismo o arco de história iniciado com Paul Atreides no épico Duna e em sua sequência, Messias de Duna, retomando os temas políticos e existenciais com a mesma maestria dos livros que o precederam.