O último segredo de José Rodrigues dos Santos trata de uma série de assassinatos, uma organização misteriosa e o maior segredo da Bíblia.
 
Uma paleógrafa é brutalmente assassinada na Biblioteca Vaticana enquanto consultava um dos mais antigos manuscritos da Bíblia: o Codex Vaticanus. A polícia italiana convoca o célebre historiador e criptoanalista português Tomás Noronha e lhe mostra uma estranha mensagem deixada pelo assassino ao lado do cadáver.
Valentina Ferro, a inspetora encarregada do caso, o convence a ajudá-la na investigação. Mas uma série de homicídios semelhantes em diversos lugares do mundo leva os investigadores a suspeitarem de que as vítimas estariam envolvidas em algo muito maior.
Para solucionar os crimes, Tomás e Valentina precisam desvendar enigmas da Bíblia que os conduzirão à Terra Santa e os colocarão diante do maior segredo do Novo Testamento: a verdadeira identidade de Cristo.