Para melhor apreciar o desenvolvimento da doutrina da tolerância, talvez nos seja preciso estudar antes de tudo o ponto ao qual Locke leva, a própria Carta sobre a tolerância. Sua argumentação mais forte, da qual tudo depende, e à qual ele mais se fixa, é certamente a distinção da comunidade política e da comunidade religiosa, a distinção da separação radical das funções da Igreja e as do Estado.